10 ноября 1728 г. Скончался генерал-адмирал Ф.М. Апраксин

В 1696 году царь отзывает Апраксина к себе для участия во 2-м Азовском походе, затем в Керченском морском походе 1699 года. На следующий год Петр жалует ему звание адмиралтейца и назначает заведовать вновь учрежденным Адмиралтейским приказом. В эти годы Ф.М. Апраксин контролирует постройку судов в Воронеже, плавает на кораблях по Азовскому морю, стал одним из создателей школы навигацких наук в Москве.

В 1707 году Апраксин произведен в адмиралы и назначен президентом Адмиралтейств России. В 1708 году, командуя корабельным флотом и сухопутными войсками в Ингерманландии (Ижорская земля), отражает наступление шведов у Ракобора и в Копорском заливе с большими потерями для врага. За одержанные победы был награжден чином действительного тайного советника и возведен в графское достоинство.

В 1709 году отправляется на юг страны для участия в создании Азовского флота и управления городом Азовом. На следующий год возвращается в Санкт-Петербург для руководства переходом русских войск по льду Финского залива к Выборгу. За взятие города-крепости награжден Петром I орденом Святого Апостола Андрея Первозванного и золотой шпагой с бриллиантами. Первым в России был удостоен звания генерал-адмирала. В 1711 году Апраксин возглавляет Азовский флот. После неудачного Прутского похода против Турции Петр I поручил ему уничтожение, согласно статьям мирного договора, собственного детища - крепостей и кораблей на Азовском море.

В 1712 году именным указом царя он назначен управляющим Эстляндией, Ингерманландией и Карелией и командует находящимися там морскими и сухопутными силами. В 1713 году во главе галерного флота с десантом сражался со шведами у реки Борго, разбил их и овладел Гельсингфорсом, лишив шведов последней базы в Финском заливе. В Гангутском сражении 27 июля 1714 года командует галерным флотом. В ответственный момент боя возглавил авангардный отряд. Абордажная атака моряков Апраксина решила исход сражения в пользу русских.

В 1715-1718 годах руководит крейсерскими действиями корабельного флота в Финском заливе. В 1719 году, возглавляя галерный флот, участвовал в высадке русского десанта на побережье пролива Стокзунд и в пятичасовом бою разгромил шведов. Одновременно с конца 1717 года возглавляет Адмиралтейств-коллегию. В 1720 году руководил укреплением острова Котлин и строительством Кронштадтской крепости. После заключения в 1721 году Ништадтского мира со Швецией император Петр I наградил Апраксина кайзер-флагом с правом поднимать его на корабле. Тогда же он вновь становится губернатором Эстляндии и проводит большую работу по развитию вновь присоединенных территорий в интересах Российского государства и расширению торговых связей через порты Прибалтики. Во время Персидского похода 1722-1723 годов командовал морскими силами Каспийского моря. Авангард флота в этом походе возглавлял адмирал Петр Михайлов (Петр I), исполняя у Апраксина должность младшего флагмана. В 1723 году Апраксин на корабле “Гангут” под кайзер-флагом командовал флотом во время крейсерства по Финскому заливу. Во время торжественного вывода на Котлинский рейд первого петровского ботика 11 августа 1723 года генерал-адмирал Ф.М. Апраксин занимал в нем одно из двух почетных мест.

В 1725 году, уже после смерти Петра I, в числе первых был награжден орденом Святого Александра Невского. В 1726 году Апраксин организовал прикрытие Ревеля с моря от нападения английского флота. Тогда же он был назначен членом только учрежденного Верховного тайного совета и командующим Кронштадтской эскадрой.

В 1727 году из-за дворцовых интриг Ф.М. Апраксин отошел от государственных дел. Вместе с императорским двором он переехал в Москву, где скончался 10 ноября 1728 года. Захоронен в Златоустовском монастыре.