Родился Федор Матвеевич Апраксин 27 ноября 1661 года. Происходил из дъяческого рода, выдвинувшегося в Смутное время и к середине XVII века вошедшего в состав московского дворянства. Один из ближайших сподвижников и единомышленников Петра I еще с его юношеских лет. В 1682 году становится стольником 11-летнего Петра. Участвует в создании “потешного войска” и флотилии Переславского озера. В 1693 году Апраксин назначен воеводою и губернатором Архангельска - единственного в то время морского порта России. Под его присмотром строится, заложенный самим Петром I, 24-пушечный фрегат “Святой Апостол Павел”, обновляются укрепления города, расширяется Соломбальская верфь, крепнут торговые связи России с заграницей.

В 1696 году царь отзывает Апраксина к себе для участия во 2-м Азовском походе, затем в Керченском морском походе 1699 года. На следующий год Петр жалует ему звание адмиралтейца и назначает заведовать вновь учрежденным Адмиралтейским приказом. В эти годы Ф.М. Апраксин контролирует постройку судов в Воронеже, плавает на кораблях по Азовскому морю, является одним из создателей школы навигацких наук в Москве.

В 1707 году Федор Матвеевич произведен в адмиралы и назначен президентом адмиралтейств России. В 1708 году, командуя корабельным флотом и сухопутными войсками в Ингерманландии (Ижорская земля), отражает наступление шведов у Ракобора и в Копорском заливе с большими потерями для неприятеля. За одержанные победы был награжден чином действительного тайного советника и возведен в графское достоинство.

В 1709 году отправляется на юг страны для участия в создании Азовского флота и управления городом Азовом. На следующий год возвращается в Санкт-Петербург для руководства перехода русских войск по льду Финского залива к Выборгу и осаде крепости. За взятие города награжден Петром I орденом Святого Апостола Андрея Первозванного и золотой шпагой с бриллиантами. Первым в России был удостоен звания генерал-адмирала.

В 1711 году Апраксин возглавляет Азовский флот. После неудачного Прутского похода против турецкой армии Петр I поручил ему уничтожение, согласно положениям мирного договора, собственного детища - южных крепостей и кораблей на Азовском море.

В 1712 году именным указом царя он назначается управляющим Эстляндией, Ингерманландией и Карелией, командует находящимися там морскими и сухопутными силами. В 1713 году во главе галерного флота с десантом сражался со шведами у реки Борго, разбил их и овладел Гельсингфорсом, лишив шведов последней базы в Финском заливе. В Гангутском сражении 25-27 июля 1714 года, командуя галерным флотом, в ответственный момент боя поднял сигнал атаковать неприятеля и возглавил авангардный отряд. Абордажная атака моряков Апраксина решила исход сражения в пользу русских.

В 1715-1718 годах руководит крейсерскими действиями корабельного флота по Финскому заливу. В 1719 году, возглавляя галерный флот, участвовал в высадке русского десанта на побережье пролива Стокзунд, ведущего в Стокгольм, и в пятичасовом бою разгромил шведов. Одновременно с конца 1717 года возглавляет созданную Петром I Адмиралтейств-коллегию. В 1720 году руководил укреплением острова Котлин и строительством Кронштадтской крепости. После заключения в 1721 году Ништадтского мира со Швецией император Петр наградил Апраксина кайзер-флагом с правом поднимать его на корабле. Тогда же он вновь становится губернатором Эстляндии и проводит большую работу по развитию вновь присоединенных территорий в интересах Российского государства, расширению торговых связей через порты Прибалтики.

Во время Персидского похода 1722-1723 годов командовал морскими силами Каспийского моря. Авангард флота в этом походе возглавлял адмирал Петр Михайлов (Петр I), исполняя у генерал-адмирала Апраксина должность младшего флагмана. В 1723 году Апраксин на корабле “Гангут” под кайзер-флагом командовал флотом во время крейсерства по Финскому заливу. Во время торжественного вывода на Котлинский рейд первого петровского ботика 11 августа 1723 года генерал-адмирал Ф.М. Апраксин занимал в его экипаже одно из двух почетных мест.

В 1725 году, уже после смерти Петра I, в числе первых был награжден орденом Святого Александра Невского. В 1726 году Апраксин организовал прикрытие Ревеля с моря от нападения английского флота. Тогда же он был назначен членом только учрежденного Верховного тайного совета и командующим Кронштадтской эскадрой.

В 1727 году, не приняв разгоревшихся дворцовых интриг преемников Петра I, Ф.М. Апраксин отошел от государственных дел. Вместе с императорским двором он переехал в Москву, где скончался 10 ноября 1728 года. Захоронен в Златоустовском монастыре.