Франц Яковлевич Лефорт родился 2 января 1656 года в Женеве в семье крупного швейцарского коммерсанта. В 1672-1673 годах волонтером участвовал в войне с Голландией. В 1674 году перешел в войска принца Вильгельма Оранского и отличился в нескольких сражениях. В августе 1675 года по приглашению царского посольства приехал в Россию. Первые годы работал секретарем у посланника Датского королевства, затем по протекции князя В. Голицина перешел на службу в русскую армию с чином капитана. С 1679 года служил в рейтарском полку генерала П. Гордона. Участвовал в отражении набегов крымских татар на южные районы Украины. В 1688 году в звании полковника командовал Елецким полком и участвовал в походе на Крым.

В 1689 году, при защите Троице-Сергиевого монастыря от стрельцов царевны Софьи, уже в чине генерал-майора, впервые встретился с молодым царем Петром Алексеевичем. Высоко оценив знания и человеческие качества Лефорта, царь произвел его в чин генерал-поручика, сделал одним из наиболее близких своих советников и друзей и поручил ему формирование полка “иноземного строя”, получившего название Лефортовского. Франц Яковлевич сопровождал Петра в плаваниях на первом его ботике. Именно он, поощряя интерес царя к морскому делу, предложил в 1691 году построить на берегу Плещеева озера корабельную верфь. Через год Петр доверил Лефорту командование самым большим 30-пушечным кораблем своей потешной флотилии и назвал его адмиралом.

В 1693 году Лефорт сопровождал Петра I в поездке в Архангельск, где вел переговоры о покупке иностранных кораблей и приглашении голландских и английских корабельных мастеров на Соломбальские верфи. В июле 1694 года вместе с царем встречал, построенный по заказу в Роттердаме, 44-пушечный фрегат “Святое Пророчество” и совершил на нем плавание до мыса Святой Нос.

Затем по поручению царя Лефорт отправляется в Воронеж для организации там интенсивной работы судостроительных верфей. В 1695 году его полк численностью 4,5 тысячи солдат и офицеров был преобразован в “Первый морской батальон”. Во время 1-го Азовского похода Лефорт возглавляет одно из трех “генеральств” и входит в Военный совет. Неудача осады Азова заставила царя приступить к интенсивному строительству галер на Воронежских верфях. Всеми работами по строительству флота руководили Ф.Я. Лефорт и Ф.А. Головин.

Во время 2-го Азовского похода 1696 года Петр I назначает Лефорта командующим всем Российским флотом, присваивает ему звание адмирала, а над галерой Лефорта “Принципиум” поднимает адмиральский флаг. Ф.Я. Лефорт стал первым адмиралом Российского флота.

После взятия Азова, на торжественной ассамблее в Москве Петр I щедро награждает Лефорта и назначает вице-королем великого герцогства Новгородского.

Весной 1697 года Ф.Я. Лефорт, Ф.А. Головин и П.Б. Возницин официально возглавляют “Великое посольство”, посетившее Пруссию, Польшу, Францию, Голландию, Англию и Австрию. “Великие послы” проводили интенсивные переговоры с целью создания союза Российского государства с этими странами для борьбы с Турцией за северное побережье Черного моря и со Швецией за выход к берегам Балтийского моря. Одновременно изучалось западноевропейское военное искусство, морское, артиллерийское, инженерное дело, вербовались на русскую службу офицеры и мастеровые люди, проводилась закупка оружия и другого военного снаряжения.

После возвращения в конце лета 1698 года в Москву и подавления стрелецкого бунта, Петр I решил отправиться на Воронежские верфи для осмотра строящихся судов и подготовки их спуска с наступлением весеннего половодья. В феврале 1699 года, накануне отъезда царя, Лефорт дал прощальный вечер и ужин, в конце которого все вышли пировать на воздух. На следующий день Петр I с делегацией благополучно отправился в путь, а Лефот заболел и слег в постель.

Болезнь прогрессировала, и вскоре выяснилось, что у Лефорта тифозная горячка. 2 марта 1699 года он скоропостижно скончался. После получения известия о смерти друга, Петр I срочно вернулся в Москву для торжественного погребения первого российского адмирала. На надгробии Франца Лефорта Петр I велел сделать надпись: “На опасной высоте придворного счастья стоял непоколебимо”.