Родился Захар Мишуков 14 марта 1684 года в дворянской семье. В 1699 году недоросля взяли в царский дворец, в 1702 году он поступил в Навигацкую школу и в 1705 году среди учеников показан окончившим школу навигации. За три года окончить школу, в которой царила зубрежка, мог только способный и трудолюбивый человек. По преданиям, несколько лет Мишуков состоял денщиком Петра I. Этим можно объяснить его близость к царю.

В 1708 году Мишуков участвовал в разгроме шведского генерала Либекера и был награжден золотой медалью в 22 червонца. Через два года царь пожаловал его в штурманы. Захар участвовал с царем в Прутском походе 1711 года и, несмотря на неудачу похода, был произведен в подпоручики гвардии.

Видимо, Петр решил, что пора определить молодого офицера к настоящему делу. В 1713 году Мишукова зачислили во флот унтер-лейтенантом, 16 августа пожаловали в лейтенанты. В кампании 1714 года он находился при царе и 16 июня был послан парламентером на шведский флот. Участвовал Мишуков и в Гангутском сражении; в ноябре 1714 года его среди других наградили золотой медалью в 11 червонцев с золотой цепью на 25 червонцев; при этом экономный царь отобрал у него прежде данную медаль в 22 червонца.

В 1715 году царь доверил Мишукову ответственное поручение. Тот был отправлен на бригантине для сопровождения в отечество освобожденного из плена шведского генерал-майора Горна. Вероятно, ему была поручена и другая задача - ведение разведки. Шведы заподозрили неладное и задержали моряка вместе с бригантиной на 2 года. В 1717 году его освободили из плена "на обмен". 13 февраля 1718 года Захара произвели в капитан-лейтенанты. В 1719 году он принимал участие в экспедиции галерного флота к шведским берегам и рапортовал лично царю. До 1720 года моряк в основном состоял при Петре I, а так как тот часто выходил в море флагманом и занимался различными морскими делами, то и Мишуков получил отличную практику, что позволило ему командовать самостоятельно.

23 января 1720 года моряка произвели в капитаны 3-го ранга. В феврале 1721 года он был отправлен с отрядом из 2 кораблей в Голландию, чтобы привести новопостроенные корабли "Ништадт" и "Принц Евгений". 22 октября, при заключении Ништадтского мира, Мишукова произвели в капитаны 1-го ранга. Командуя кораблем "Ништадт", он отправился из Голландии в Россию. 12 ноября в бурную темную ночь корабль стал на мель у острова Эзель и разбился. Мишуков смог спасти только команду. Однако этот случай не сломал карьеру моряка. Царь взял его с собой в Персидский поход. В 1722 году капитан ходил от Нижнего Новгорода до Астрахани во главе первой эскадры флотилии. В следующем году он вернулся на Балтику, командовал кораблем "Марльбург" в практическом плавании и принимал участие в гидрографических работах. В 1724 году Мишуков представил в коллегию составленную им вместе с Люберасом карту Финского залива, а затем командовал яхтой "Елизабет" при перевозке из Шлиссельбурга в Санкт-Петербург мощей Св. Александра Невского.

После смерти Петра I благодаря покровительству Екатерины I и Меншикова Мишуков успешно продолжал службу. В 1725 году его временно назначили к исправлению дел в петербургской адмиралтейской конторе. Часто он представлял императрице доклады по морскому делу и объявлял коллегии высочайшие повеления. Летом 1725 года ему поручили на яхте "Де-Крон" отвезти из Кронштадта шведского посла. При поездке Меншикова для осмотра Ладожского канала Мишуков сопровождал князя.

В 1726 году моряк командовал кораблями "Исаак-Виктория" и "Рафаил"; на последнем, по прибытии к Ревелю английского флота, он был послан к адмиралу Вагеру с дипломатическим поручением: отвозил ответную грамоту к английскому королю. В августе Захара Мишукова назначили командующим яхтой для доставки в Стокгольм русского посла князя Долгорукова.

21 декабря 1726 года Мишукова произвели в капитан-командоры с назначением главным командиром Астраханского порта. Для моряка это была почетная ссылка. В 1728 году он просил о смене из Астрахани, и коллегия представляла Верховному тайному совету мнение, что "для тамошних тяжестей и ради заплаты имеющихся на нем долгов, переменить надлежит". Но тогда в столицу моряка не вернули. Лишь 16 марта 1730 года Мишуков был уволен от должности главного командира Астраханского порта, но задержался в своих деревнях Саранского уезда Московской губернии и рапортовал, что семейные дела мешают ему ехать дальше. Только в ноябре 1731 года он возвратился в Санкт-Петербург. В 1732 году за своевольное 15-месячную неявку на службу и ослушание указов коллегии постановлено "время, проведенное им в отсутствии, вычесть из службы и жалованье ему за оное не давать". 11 марта Мишукова определили в Кронштадт к канальному и доковому строению в помощь вице-адмиралу Сандерсу. 29 декабря 1732 года его назначили советником Адмиралтейств-коллегии контр-адмиральского ранга для заведования экспедицией фабрик и заводов. 5 лет Мишуков прожил в Санкт-Петербурге безвыездно. В 1737 году он находился при описи дворов, домов и числа жителей столицы.

Шла русско-турецкая война 1735-1739 годов. Моряков не хватало. В январе 1738 года Мишукова послали в Брянск для наблюдения за постройкой судов Днепровской флотилии. Пробыл контр-адмирал на Днепре недолго: в марте 1739 году за "чахотною болезнию" фельдмаршал граф Миних уволил его в столицу для лечения. В июле он явился в коллегию и вступил в прежнюю должность. Несколько лет Мишуков лечился и работал на берегу. Однако началась русско-шведская война 1741-1743 годов. В кампанию 1741 года флот не был готов и в боевых действиях не участвовал. Острая нехватка флагманов заставила к следующей кампании призвать в строй всех, кто имел какой-то боевой опыт. Несмотря на то, что Мишуков долго не командовал в море, а его возраст достиг 58 лет, 15 февраля 1742 года его произвели в вице-адмиралы и назначили главнокомандующим флотом, высланным из Кронштадта для военных действий против шведов.

Мишуков крейсировал в Финском заливе, обозревал неприятельский флот, стоявший у Гангута, но атаковать не решился. В частых рапортах с моря в коллегию флагман доносил о числе больных, требовал пополнения припасов и провизии, не упоминая о действиях флота. Огорченный Н. Ф. Головин в письме 13 июля 1742 года предлагал доставить сведения о прежних и настоящих операциях и активизировать действия, ибо шведский флот демонстрировал недостаток сил и решительности. Вице-президент Адмиралтейств-коллегии предложил Сенату послать нарочного с требованием отчета от флагмана, почему тот долго не рапортовал. Однако нарочному был предъявлен личный указ императрицы, прекращающий рассмотрение этого дела.

Трудно теперь сказать, что побудило Елизавету Петровну послать упомянутый указ. То ли императрица рассчитывала, что шведы прекратят боевые действия сами, то ли спасала от неприятностей любимца своих родителей, то ли Мишуков убедил ее в том, что вступать со шведами в прямое столкновение неразумно. Во всяком случае, флагман твердо избегал боя со шведами. Эскадра провела в море еще четыре недели. Крейсеры взяли несколько купеческих судов. 10 октября Мишуков вернулся на Кронштадтский рейд. По окончании кампании моряка указом от 26 октября определили главным командиром Кронштадтского порта, а над действиями его в минувшую кампанию было назначено следствие. Следующим летом в море командовал сам Н. Ф. Головин, но и ему не удалось нанести шведам поражение.

Мишуков в 1744 году находился с кронштадтской эскадрой в практическом плавании у Березовых островов и по окончании кампании вернулся в должность главного командира.

В феврале 1745 года на основании Морского регламента Мишукова уволили от должности главного командира и 14 марта назначили присутствовать в Адмиралтейств-коллегии. Летом он командовал флатом в плавании до Дагерорда. Впервые за несколько лет русский флот выходил от Красной Горки на просторы Балтийского моря. В 1746 году вице-адмирал командовал флотом из ревельской и кронштадтской эскадр в крейсировании по Финскому заливу до Рогервика.

25 апреля 1747 года Мишукова наградили орденом Св. Александра Невского. Моряк начальствовал флотом в крейсерстве до Готланда и в 1747-м, и в 1750 годах.

Захар Данилович старел. Возраст его перевалил за 70 лет. Следовало идти на покой. Но началась Семилетняя война, и Мишукова за отсутствием более молодых флагманов вновь поставили во главе флота.

Россия не сразу вступила в войну. В марте 1756 года была организована "Конференция при высочайшем дворе" для политического и стратегического руководства войной. Моряков в составе Конференции не было. Однако внимание флоту она уделяла. 6 апреля Адмиралтейств-коллегия запросила главных командиров портов о состоянии эскадр и потребовала исправить все благонадежные корабли и фрегаты. Летом 1756 года при известии о скоплении судов в Кенигсберге и Данциге были высланы 2 корабля и 4 фрегата для прикрытия берегов Курляндии от возможного десанта.

Подписанный 22 января 1757 года австро-русский трактат предусматривал участие в войне со стороны России 80 000 регулярных войск, 15-20 линейных кораблей, фрегатов, бомбардирских галиотов и не менее 40 галер. Балтийский флот к 1757 году состоял из 21 линейного, 2 бомбардирских кораблей, 5 фрегатов, 2 прамов и 4 пакетботов, а также 83 галер, 60 кончебасов и 6 венецианских ботов. Кораблей было достаточно, но отечественных офицеров не хватало. С флагманами было еще хуже. Одним из наиболее боевых оказался 3. Д. Мишуков. 5 мая 1757 года его произвели в адмиралы и назначили, несмотря на возраст, главнокомандующим флотом для блокирования прусских портов. Помощниками к нему назначили произведенного в адмиралы В. А. Мятлева, который последние годы состоял губернатором Сибири, а также вице-адмиралов В. Ф. Люиса и Г. А. Кайзера, контр-адмиралов Н. Г. Лопухина и Д. Я. Лаптева.

Фельдмаршал С. Ф. Апраксин, которому предстояло руководить операциями в Восточной Пруссии, планировал, что ревельская эскадра по вскрытии льда выйдет в море и не допустит к прусским берегам суда с военными и продовольственными припасами. Соединившиеся ревельская и кронштадтская эскадры должны были блокировать Пиллау, а по взятии Кенигсберга - Данциг. Галерному флоту следовало доставить десант в Либаву, а затем снабжать армию продовольствием в Кенигсберге. Для увеличения числа транспортов Апраксин предложил провести мобилизацию частных судов. В апреле к задачам флота была добавлена поддержка действий армии против Мемеля. Эти задачи первоначально и предстояло выполнять Мишукову. В его распоряжении была кронштадтская эскадра из 14 линейных кораблей, 3 фрегатов, 2 прамов и 2 бомбардирских судов и ревельская контр-адмирала Люиса из 6 кораблей, 3 фрегатов. Кроме того, в Ревеле стоял галерный флот из 41 судна. Часть кораблей обветшала, и реально адмирал располагал меньшими силами.

Кронштадтская эскадра вышла на рейд только 15 мая. Так как подготовка главных сил задерживалась, отряд из корабля "Гавриил", 2 фрегатов, 2 прамов и 2 бомбардирских судов в начале мая был отправлен для осады Мемеля. В пути корабль пострадал от шторма и ушел на ремонт в Ревель; остальные суда под брейд-вымпелом капитана Вальронта 15 июня вышли из Либавы к Мемелю. Кронштадтская эскадра выступила только 31 мая. 13июня Мишуков прибыл к Либаве, донес об этом Адмиралтейств-коллегии и генерал-фельдмаршалу Апраксину, от которого получил приказ идти к Пиллау. Эскадра направилась к Мемелю и 19 июня соединилась с ревельской эскадрой Люиса, которая с 28 апреля крейсировала в море; отряд Вальронта прибыл двумя днями раньше.

Главные силы армии Апраксина двинулись 3 мая, но только 21 июня переправились через Неман и поджидали отставшие части; Мемельский корпус в конце мая еще не был готов. Только 19 июня корпус Фермора прибыл к Мемелю. В тот же день 2 прама и 2 бомбардирских судна начали обстрел крепости, продолжавшийся несколько дней; со временем присоединилась и сухопутная артиллерия. 24 июня крепость капитулировала. После взятия Мемеля отряд Вальронта оставался на рейде. Была налажена доставка продовольствия на ластовых судах. В Либаве накапливали гребные суда; в августе флотилия контр-адмирала Кашкина насчитывала 37 галер. На кораблях Мишукова было много больных. Исходя из бесполезности плавания всего флота у неудобных прусских берегов для блокады одного порта Пиллау, адмирал предложил оставить в море эскадру из 4 кораблей и 2 фрегатов, укомплектовав их здоровыми людьми. Адмиралтейств-коллегия представила его предложение на высочайшее усмотрение. Но еще до решения этого вопроса адмирал получил повеление, оставив 5 кораблей и фрегат под командованием Мятлева у прусских берегов, с остальными силами идти в Карлскрону. Следовало не допустить британский флот в Балтийское море, а если бы англичане прошли Зунд - уже на Балтике охранять берега, гавани и коммуникации. Но прежде предстояло заключить договор со Швецией.

Возможность столкновения с британским флотом создала неожиданные трудности: вице-адмирал Люис и другие англичане отказались участвовать в боевых действиях против соотечественников, и их пришлось заменить другими моряками.

В июле происходил обмен письмами шведского и русского командования через фрегат "Архангел Михаил", который не раз ходил в Швецию.

7 августа Мишуков рапортовал, что оставляет эскадру Мятлева для блокады прусских городов и направляется для связи со шведским флотом. С 23 по 26 августа адмирал с эскадрой стоял в Карлскроне и вел переговоры со шведским командованием о совместных действиях на Балтике. Одновременно русские моряки изучали шведские порты и побережье.

Несмотря на большое число заболевших, до осени эскадры находились в море. Только 17 сентября Мишуков рапортовал, что благополучно прибыл в Кронштадт. Эскадра Полянского, сменившего Люиса, в сентябре крейсировала у Оденсхольма, Дагерорта, Брустерорта, затем стояла на рейде Данцига, посылая, несмотря на морозы, отдельные суда в крейсерство, и 27 октября вернулась в Ревель. Отряд Вальронта 8 сентября вышел из Мемеля и возвратился в Кронштадт. Галеры остались на зимовку в Либаве. Кашкин готовил их к кампании следующего года, строил мелкосидящие суда, исследовал берег от Кенигсберга до Пиллау и проливы, что приводило к боевым стычкам.

По возвращении Мишуков представил коллегии журналы и протоколы. За время кампании флот захватил несколько прусских купеческих судов. Императрица была довольна действиями Мишукова, что и выразила в рескрипте Адмиралтейств-коллегии.

Русское командование в кампанию 1757 года промедлило с наступлением к Кенигсбергу и осенью отвело войска к Мемелю, за что фельдмаршала Апраксина арестовали. Война продолжалась. К весне 1758 года действующая армия насчитывала 72 тысячи человек, в Мемеле готовили 100 плоскодонных судов для транспортировки войск и продовольствия, 16 галер и один бот. В Либаве стояли 21 галера и 25 более мелких судов контр-адмирала П. Г. Кашкина. Новый главнокомандующий Фермор получил приказ Конференции наступать в Пруссию. 4 января русские взяли Тильзит, 11 января - оставленный противником Кенигсберг. К концу февраля почти вся Восточная Пруссия была занята, а Кенигсберг стал базой для доставки армии подкреплений. Для обеспечения перевозок требовалась помощь флота.

16 октября 1757 года Конференция указала Адмиралтейств-коллегии подготовить к кампании только 9 кораблей, дополнив их фрегатами и малыми судами. 2 апреля 1758 года Мишукова вновь назначили главнокомандующим. 15 апреля была подписана в Стокгольме русско-шведская декларация о недопущении британского флота на Балтику, и Конференция предписывала Мишукову выйти скорее в море для соединения со шведами на высоте готландского берега и действовать совместно под командованием русского адмирала. Если бы шведы не присоединились, русским следовало защищать пролив своим флотом, а после того, как опасность миновала, крейсировать у берегов Померании для прикрытия судоходства и блокады прусских берегов.

Ревельская эскадра вице-адмирала А. И. Полянского была готова в середине апреля и в середине июня отправилась в крейсерство к Готланду; к ней на время присоединилась, а затем ушла к своим берегам шведская эскадра. Мишуков вышел только 2 июля и через 5 дней соединился на высоте Готланда с Полянским. 5 июня из-за протеста нейтральной Дании Конференция предписала адмиралу направить в Зунд несколько фрегатов, а главные силы поставить подалее, по его усмотрению.

9 июля русский флот соединился со шведским между Карлскроной и Борнхольмом и направился к югу. Больных на флоте было немного. Вечером он приблизился к острову Амагер в виду острова Драге. 23 июля Мишуков с контр-адмиралом С. И. Мордвиновым был принят датским королем. На "Св. Николай" приезжали иностранные послы и флагманы. 19 августа флот в Къеге-бухте перешел к острову Стефену. За Зундом наблюдали крейсирующие корабли. Вскоре русско-английская напряженность в отношениях спала. 28 августа флоты направились в базы. Ревельская эскадра вернулась 28 сентября, кронштадтская - 30 сентября. По возвращении адмирал представил коллегии составленные им карты Штральзунда и берегов Померании.

Конференция высоко оценила действия флота в рескрипте 1 декабря: "Как ни поздно вышел прошедшим летом наш флот в море, однако ж, точным исполнением данных от нас повелений приобретено нам от союзников наших благодарение и похвала главному командиру онаго, сверх той пользы, которая произошла для существительных интересов наших".

Так как взятие Данцига вызывало протест Польши и Франции, Конференция намеревалась в 1758 году овладеть Кольбергом и образовать операционное направление Кюстрин - Берлин. Но сухопутные войска не смогли взять ни Кольберг, ни Кюстрин, ни Данциг. План кампании 1759 года Конференция составляла при участии Мишукова, освобожденного от командования флотом и назначенного членом Адмиралтейств-коллегии. Полянскому было поручено подготовить раннею весною Ревельскую эскадру, выйти к Данцигу и Кольбергу для действия по обстоятельствам; затем к нему должна была присоединиться кронштадтская эскадра контр-адмирала Лопухина. Перед флотом стояла задача наблюдать за побережьем Померании и вести действия против крепостей во взаимодействии со шведским флотом и армией. Однако по требованию Австрии центр операций переместили в Силезию. Конференция ограничила действия флота борьбой с прусскими каперами силами эскадры Полянского и перевозкой до Гданьска или Пиллау солдат с артиллерией и провианта.

Если бы каперы бежали в Штеттин, Полянскому было приказано блокировать частью сил устье Одера, а с остальными кораблями патрулировать померанские берега, охранять шведские коммуникации между Померанией и Карлскроной и выход из Зунда. До середины июля действовала только ревельская эскадра. Кронштадтская эскадра Лопухина лишь 6 августа соединилась с ревельской на Данцигском рейде. Вскоре Конференция отозвала флот, и Лопухин вернулся в Кронштадт. Полянский стоял в Данциге до 9 сентября, изучая прусские берега, и ушел в Ревель.

Разгром армии Фридриха II у Кунерсдорфа 1 августа 1759 года лишил короля главных сухопутных сил. Но наступление далее на запад требовало постоянных поставок продовольствия, особенно в условиях разногласий с австрийцами. Вновь встал вопрос о взятии Кольберга, чтобы снабжать войска по морю. Конференция в 1760 году намечала овладеть Данцигом и Кольбергом и наступать на Бранденбург во взаимодействии с австрийцами или самостоятельно. На сей раз, в отличии от кампании 1758 года, когда город брали лишь с суши, Кольберг предстояло атаковать с моря. Дело это было поручено 3. Д. Мишукову, которого в 1760 году вновь назначили главнокомандующим флотом против Пруссии. С начала года Конференция требовала вывести со вскрытием вод все возможные суда.

В ходе переговоров с союзниками, чтобы коалиция не распалась, российское правительство было вынуждено согласиться с планом австрийцев и наступать в Силезии. От задуманных действий в Пруссии пришлось отказаться. Задачи флота были ограничены крейсерством, охраной коммуникаций и перевозками; были уменьшены средства для снаряжения судов и пополнения некомплекта команд. В итоге кронштадтская эскадра не была готова к таянию льдов; ревельскую эскадру снарядили ранее. Так как из-за несогласованности действий союзники не добились в Силезии успеха, в июле Конференция все же поручила Мишукову овладеть Кольбергом; для поддержки было приказано выслать 500 кавалеристов. 2 июля адмирала наградили орденом Св. Андрея Первозванного.

Ревельская эскадра из 7 линейных кораблей и 3 фрегатов вышла 10 июля и встала на якоря между островами Наргеном и Вульфом. Кронштадтская эскадра с выходом задержалась из-за жалоб Мишукова на некомплект команд, и Конференция указом потребовала от Адмиралтейств-коллегии поторопиться с приготовлениями. Корабли начали выводить на рейд только 5 июля, но снаряжали их без поспешности, и только через три недели Мишуков выступил; эскадра вице-адмирала Полянского была готова на шесть недель ранее. Эскадры соединились лишь 30 июля у Наргена, где флот простоял до 4 августа, после чего отправился к Кольбергу и прибыл благополучно 16 августа. Корабли расположились на якорях напротив крепости. Но задержка не позволила взять Кольберг в 1760 году.

После промеров 17 августа адмирал Мишуков отдал приказ со всех кораблей послать к берегу шлюпки с десантом, а части эскадры при устье реки Персанты поддержать высадку огнем. С полудня корабли открыли огонь по батареям и крепости. В 15-м часу в пяти верстах восточнее капитан Секерин, командир корабля "Ревель", начал высаживать десант против укреплений, защищавших вход в гавань. 19 августа войска с 9 галиотов усилили десант Секерина до 5000 человек с орудиями. Обстрел продолжали непрерывно, но вызвали лишь незначительные пожары. Вечером подошла шведская эскадра (7 кораблей и палубный бот). Соединенный флот приблизился к Кольбергу и усилил бомбардировку.

21 августа начался шторм, прервавший высадку. 6 галиотов, 5 ботов и 6 венецианских шлюпок были выброшены на берег, а флоту пришлось отойти мористее. Ветер сменил проливной дождь с градом. Отрезанный от корабля командовавший десантом обер-цейхмейстер Демидов обратился за помощью к генералу Мордвинову, на Нижнюю Вислу. Только через 6 дней удалось свезти остаток войск и небольшой шведский десант. Немецкий гарнизон не воспользовался удобным случаем нанести поражение осаждающим.

После возобновления действий флота десантный отряд под прикрытием огня овладел укреплениями восточнее Персанты. Приблизившись к городу на 2 версты, русские начали траншейные работы и установили в 300 саженях (600 метров) от города, на западном берегу реки, батарею. Стрельба этой батареи вызвала большие пожары в Кольберге. 29 августа перестрелка особенно усилилась. 31 августа в городе вспыхнул пожар, который тушили 8 часов.

Атаку крепости продолжили с трех направлений. Моряки поставили 4 батареи. 8 сентября Мишуков отдал приказ со всех кораблей отправить шлюпки с десантом на помощь контр-адмиралу Мордвинову к батарее В. Но взрыв порохового погреба на батарее и разрывы чиненых бомб вызвали много жертв, а внезапно появившаяся неприятельская пехота и конница отряда Вернера, пользуясь замешательством, овладели батареями. Десант отступил к флоту. Адмирал отправил оставшиеся шлюпки для спасения людей и приказал флоту отойти от крепости.

Мишуков ранее сообщал Конференции, что, по сведениям разведки, прусский отряд выступил от Штеттина, но поддержки сухопутными войсками не получил. 9 сентября шведская эскадра ушла к своим берегам, 10 сентября Мишуков с флотом и 9 взятыми на Персанте галиотами и пленными направился к Ревелю, где оставил эскадру Полянского и вернулся в Кронштадт.

Конференция, высказав замечания по ходу осады, признала адмирала виновным в задержке высадки десанта в 2 первых дня и в том, что он более полагался на бомбардировки, а командованию армии в вину поставили то, что она не приняла мер против отряда Вернера и даже не предупредила моряков. Комиссия для расследования виновности лиц, участвовавших в операции (по 3 человека от армии и флота) быстро провела разбор дела, и 16 ноября был дан рескрипт с прощением лиц, признанных виновными. 76-летнего Мишукова к следствию не привлекали; его определили в Адмиралтейств-коллегию. Больше он в море не ходил. В следующую кампанию флотом командовал адмирал Полянский. Печальный опыт был учтен. Для осады Кольберга создали корпус генерала Румянцева, с которым взаимодействовала русско-шведская эскадра. В итоге совместных действий крепость была взята.

После смерти Елизаветы Петровны отношение к заслуженному моряку резко изменилось. Вступивший на престол Петр III в мае 1762 года отставил его от службы без пенсии. После переворота Екатерины II, в отличии от других ветеранов Петра Великого, императрица не оказала милости Мишукову. То ли она забыла о нем, то ли не считала достойным.

Скончался Мишуков 1 декабря 1762 года и погребен в Александро-Невской лавре. На его надгробии была надпись:

"В Бозе усопший муж, ЕЯ ИМПЕРАТОРСКОГО ВЕЛИЧЕСТВА флотов Адмирал, обоих Российских орденов Св. Апостола Андрея Первозванного и Александра Невского Кавалер Захар Данилович Мишуков, который служил ИХ ИМПЕРАТОРСКИМ ВЕЛИЧЕСТВАМ 64 года, родился 1684, марта 14 дня, преставился 1762 года, декабря с 1-го на 2-е число; всего жития его было 78 лет, и на сем месте в Свято-Троицком Александро-Невском Монастыре честно погребен".

Мишуков не приобрел таких лавров, какие имели его современники Н. А. Сенявин или П. П. Бредаль благодаря победам на море. Возможно, он мог бы добиться славы, ибо добросовестным трудом и организацией создавал ситуации, при которых победа была обеспечена. Несмотря на старость, у сподвижника Петра I осталось достаточно сил, чтобы командовать флотом в военное время. Сказались накопленные за десятилетия нелегкого труда моряка опыт и выносливость. Не его вина, что из-за стечения обстоятельств (отсутствие поддержки с суши, взрыв порохового погреба именно в тот день, в который начал наступление отряд Вернера) не удалось овладеть успешно осаждаемым Кольбергом.