Российский ученый-океанограф, географ и картограф, офицер флота. Генерал-лейтенант (1912). Президент Русского Географического общества с 1914 г., член-корреспондент и почетный академик (1939), почетный член-корреспондент Королевского географического общества в Лондоне (1904), почетный сотрудник Главного гидрографического управления (1912). Закончил Морское училище гардемарином в 1877 г., через год произведен в чин мичмана и сразу же поступил на учебу в Николаевскую Морскую академию. После окончания гидрографического отдела по 1-му разряду (1880) приступил к научной работе в области географии. Исследовательские интересы Ю.М. Шокальского по преимуществу сосредоточились на физической географии, океанографии, метеорологии, лимнологии, гидрографии и картографии. Свою первую научную работу он посвятил метеорологическим и гидрологическим наблюдениям на кораблях Российского флота; в 1882 г. "Морской сборник" напечатал его первую публикацию - доклад в Русском географическом обществе "О предсказаниях вероятной погоды и штормов".

В 1881-1882 гг. заведовал отделом морской метрологии Главной геофизической обсерватории и Главного гидрографического управления. С 1883 г. начал преподавательскую деятельность в Морском училище (Морском корпусе) по навигации, математике и физической географии, а через несколько лет и в Николаевской Морской академии. В 1910 г. генерал-майору Ю.М. Шокальскому присвоено звание ординарного профессора академии. Одновременно занимал должности библиотекаря Морского министерства (1887-1907) и заведующего метеорологической частью Главного гидрографического управления (1907-1912). Курсы лекций Шокальский читал в Офицерском штурманском классе. Петербургском университете. Педагогическом и Географическом институтах. Ему было присуждено звание заслуженного профессора по физической географии, метеорологии и океанографии. В 1907 г. назначен членом комиссии при библиотеке Морского министерств по кораблевождению.

Шокальский был деятельным членом Русского Географического общества, где проходила значительная часть его научной работы. Последовательно занимал должности секретаря комиссии по организации наблюдений над распределением силы тяжести в России, секретаря, помощника председательствующего и председательствующего в Отделении физической географии, председателя (президента) общества. Возглавив образованную при обществе Гипсометрическую комиссию, он возглавил работы по составлению и улучшению гипсометрических карт Европейской России, разработал методику картографических работ и применил при исчислении поверхности России.

К началу 20-х гг. XX столетия Ю.М. Шокальским было написано более 400 научных работ, в основном по проблемам гидрологии, лимнологии и океанографии. Только журнал "Морской сборник" опубликовал свыше 300 его статей, причем ежегодно печаталось от 12 (1900) до 32 (1905). Шокальский несколько лет редактировал отдел библиографии журнала в области гидрографии, метеорологии, магнетизма, лоции и маячного дела, географических экспедиций. Капитальный труд "Исчисление площади бассейнов и административных подразделений Азиатской России" с картой бассейнов в масштабе 100 верст в дюйме (1903) был удостоен первых премий Российской и Парижской академий наук. Им был предложен способ наблюдения плавучих льдов в морях для гидрометеорологических станций и маяков. Под редакцией Шокальского и Б.Ю. Петри был издан "Большой всемирный настольный атлас", включавший 62 главных и 160 добавочных карт и выдержавший .три выпуска. В своем самом фундаментальном труде "Океанография" (1917) он впервые в России систематизировал многолетние наблюдения и теоретически обосновал причинную связь явлений в мировом океане, доказал необходимость изучения в единстве морской гидрологии и метеорологии. Работа получила первую премию Российской и премию имени Парижской академий наук. Под руководством Шокальского в бытность его заведующим метеорологической частью ГГУ значительно улучшилось наблюдение за явлениями природы на территории России. Были опубликованы гидрометеорологические наблюдения за 1903-1911 гг., разработаны инструкции для наблюдения за льдами, сконструированы и приняты на вооружение новые приборы, организованы глубоководные гидрологические наблюдения в Северном Ледовитом океане и на Дальнем Востоке, налажено изучение течений в русских морях. По его инициативе в 1912 г. в Петербурге была созвана 1-я международная морская конференция. Председательствовал на заседаниях сам Ю.М. Шокальский. Удалось разрешить ряд важных для международного мореплавания вопросов по морской картография, изданию лоций, маячному делу и др.

Почти 30 раз Шокальский командировался Русским Географическим обществом и Морским министерством м границу как представитель России на международных конгрессах, выставках и конференциях. Был почетным доктором физической географии Новороссийского (Одесса) и география Казанского университетов.

В советское время продолжал преподавать в Морской академии (до 1930), был старшим руководителем кафедры океанографии и возглавлял гидрографический факультет. Создал единственный в стране Океанографический кабинет. В начале 20-х гг. - член Ученого совета Северной научно-промысловой экспедиции ВСНХ, ставшего одним из ведущих центров общегеографического и геологического изучения Арктики. В 1923-1927 гг. руководил океанографической экспедицией по комплексному изучению Черного моря, исследовал Ладожское озеро, реки Вычегду, Тавду и др. Выступил инициатором развития гидрографических исследований в арктических морях, один из ведущих разработчиков научной программы освоения и использования Северного морского пути. Работал в Геодезическом комитете Госплана СССР и Главном управлении гидрометеорологической службы. Состоял членом комитата по подготовке и проведению 2-го международного полярного года (1932-1933).

Деятельность генерал-лейтенанта Ю.М. Шокальского была отмечена многими российскими и иностранными наградами, в том числе орденами Станислава 1-й степени, Владимира 3-й и 4-й степеней, бельгийским Кавалерским крестом, французским орденом Почетного легиона. В его честь названы бухта в Антарктиде, ледник на Новой Земле, острова в Карском и Баренцевом морях, подводный хребет у о-ва Уруп и хребет на атом же острове Курильской гряды, пролив в Карском море между о-вами Северная Земля, ледники на Тянь-Шане, пике Гармо, Алтае, пик на Тянь-Шане.